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中医药百科全书研究论文在国际期刊Nucleic Acids Research发表

文章来源: 作者: 发布时间:2019年02月26日 点击数:
日前,有关中医药自主知识产权在线开源数据库——中医药百科全书(ETCM: an encyclopaedia of traditional Chinese medicine,http://www.nrc.ac.cn: 9090/ETCM/)的研究论文已在国际著名期刊《核酸研究》(《Nucleic Acids Research》)(2018年影响因子11.561)发表。ETCM 是中国工程院院士、中国中医科学院常务副院长黄璐琦研究员带领澳门百老汇4001登录官网、澳门百老汇资源中心与中国科学院遗传与发育生物学研究所、北京大学药学院等单位共同合作打造的中医药数据平台,ETCM整体框架见图1。
 
图1. ETCM整体框架. 与其它澳门百老汇相关数据库,黄色高亮方框为ETCM独有的新信息和功能。
ETCM作为开放共享的整合数据平台,将403味澳门百老汇、3962首澳门百老汇成方制剂、7274个澳门百老汇成分、2266个已验证的或预测的药物靶点、3027种相关疾病等信息有机整合,见图2。澳门百老汇包括性味归经、资源分布、采集时间、鉴别图片,以及化学成分、含量限度和靶标等信息;澳门百老汇成方制剂包括方剂名称、类型、组成、服用剂量、中医证候、含量限度等信息,并提供国家食品药品监督管理总局(CFDA)外部链接来获得更详细的信息;从文献系统收集403味澳门百老汇的7274个成分信息(成分名称、分子式、分子量、二维结构等),并提供与国际知名公共数据库(ChEMBL、PubChem等)外部链接查询;靶点信息和疾病信息来自国际权威生物信息数据库,可以提供从疾病靶标和药物靶标反向查找澳门百老汇成分、澳门百老汇和澳门百老汇方剂,促进中医药现代化发展。
 
图2. ETCM主要功能说明:( A )ETCM的功能概况。( B ) ETCM的澳门百老汇概述。 ( C )大黄的图片和产地地图。( D )大黄的质量控制标准。( E )大黄预测靶基因的GO富集分析。( F )大黄预测靶基因通路富集分析。
ETCM作为一个智能化数据平台,嵌合了物理化学性质、成药性评价、靶标预测等多种权威算法,以及药物靶标和疾病靶标相关功能和通路的系统分析功能,提供从“澳门百老汇→方剂→成分→靶标基因→功能/通路→疾病” 之间的交叉检索、多维智能化网络构建和可视化,全面解析澳门百老汇复杂系统与机体分子网络之间相互作用关系,见图3。ETCM将为中医药理论的科学内涵、澳门百老汇质量控制、澳门百老汇作用原理揭示、澳门百老汇新药研发,尤其是现代药物组合发现和优化等,提供强有力的数据基础和分析平台。
 
图3.ETCM通过系统分析功能构建的不同类型网络的案例图
ETCM作为一个开源数据生态社区,采用包括数据库工程、自动知识库构建在内的多项大数据构建新技术,充分整合最新科研成果和临床数据,共建高质量的中医药大数据生态;创新面向复杂系统的知识挖掘和数学建模方法,将对全国、乃至全世界的中医药临床和科研优势团队免费开发共享。本研究受到国家自然基金重点项目(NO.81830111, NO.81330086)的支持,本论文第一作者许海玉、张彦琼、刘振明,通讯作者为黄璐琦、王秀杰和杨洪军。
Haiyu Xu, Yanqiong Zhang, Hongjun Yang, et al., Nucleic Acids Res, 2018(IF 11.56)
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